在美国南北战争中，南方蓄奴州所组成的“美利坚联盟国”（又称邦联）前后使用过三种国旗。第一种被称作“星条旗”，旗帜上下两根红条夹着一根白条，左上角正方形蓝底13颗白星，象征着加入美利坚联盟国的13个蓄奴州。

从1863年开始，邦联开始使用第二种国旗——“无瑕旗”，整面旗帜大部分为白色，左上角红底正方形，一个蓝色的大叉（被称为圣安德鲁十字架）内有13颗白星。设计这面旗帜的是当时住在佐治亚州萨瓦那市的报纸编辑——威廉·汤普逊。他对该设计有如下解释：“作为一个民族，我们战斗的目的是维护白人相对于低等种族或者有色人种神圣的崇高性；白色旗帜就象征着我们的事业。”第三种国旗则在“无瑕旗”右边加了一个红条，据说是象征白人公民血统的崇高性。在战场上，南军的军旗就是将国旗左上角“红底，蓝色圣安德鲁十字架加13颗白星”的图案放大。

1865年，南北战争结束后，邦联旗统统被废除。但在南方仍普遍存在着为当初南军的失败感到惋惜的情绪。一些种族主义者在内战结束后不久，开始进行一场社会运动，名为“邦联失去的事业”。1894年，“邦联的女儿协会”成立，主要成员是当初参加南北战争的南军老兵的女性后裔。成员入会时，都要在邦联旗前宣誓。这个组织搜寻、埋葬了大量当初南军阵亡士兵的遗骸，设立基金照顾南军士兵公墓以及这些士兵的亲属。他们还发表大量文章，为当初南方蓄奴州的“事业”辩护。

1894年，当初蓄奴传统极为浓厚的密西西比州开始采用新的州旗——蓝白红三个横条，左上角是人们熟知的“红底、蓝色圣安德鲁十字架加13颗白星”图案。这标志着邦联旗开始在南方复苏。二战中，一些主要由南方士兵组成的美军部队中，都使用邦联旗作为本部队的“非官方军旗”。当时美军有一艘名为“哥伦比亚”号的巡洋舰，长期在南太平洋作战，这艘军舰就一直挂着邦联旗作战，直到战争结束。在冲绳战役中，美军海军陆战队第5师第1营A连的士兵自诩为“叛逆连”，在攻占首里城堡后，该连士兵居然将一面邦联旗插在城堡上，几英里外都能看见。三天后，美军将领西蒙·布克纳才下令将这面旗帜拿下，因为“（不单单是南方佬）全美国的士兵都参加了这场战斗”。

二战结束后，佐治亚州于1956年开始采用新州旗，旗帜右边就是一个硕大的“红底、蓝安德鲁十字架加13星”。其余各州，比如南卡罗来纳、佛罗里达等，虽然正式的州旗与邦联旗无关，但邦联旗还是可以在很多公开场合看到，有些地方还发放带有邦联旗标志的车牌。不过，随着美国种族平等意识的深入人心，近年来，邦联旗受到越来越多的质疑。已宣布参选美国总统的杰布·布什在担任佛罗里达州州长时，就签署法案禁止邦联旗出现在公共场合。佐治亚州在2001年和2003年两度更改州旗图案，现在所使用的州旗已看不出邦联旗的痕迹。2001年，密西西比州也发动公投，就是否废除带有邦联旗图案的州旗进行表决，不过赞成保留的选民高达64%，不少人认为，邦联旗象征地方自豪感，超越了种族。